Após a Reforma, e no quadro da Lei Avellaneda, as universidades nacionais adquiriram o carácter de autônomas. A partir desse momento elas refletiram, com frequência, os vai-e-véns da vida política nacional. Contudo, nem sempre sua autonomia e princípios reformistas foram totalmente respeitados.
No século XX foram criadas outras faculdades, originadas em sua maioria como institutos ou escolas dependentes das faculdades que já existiam: Faculdade de Filosofia e Humanidades, de Ciências Econômicas, de Arquitetura e Urbanismo, de Odontologia, de Ciências Químicas, de Ciências Agropecuárias, de Matemática, Astronomia e Física. Também foram criadas a Faculdade de Línguas e a Escola Superior de Comércio «General Manuel Belgrano». As últimas a serem criadas foram as faculdades de Artes, Ciências da Comunicação e Ciências Sociais.
Com a restauração da democracia em 1983, após constantes períodos autoritários, iniciou-se uma nova etapa na história do país e de suas instituições.
A Universidade recuperou sua autonomia e o co-governo. Num caminho ainda cheio de dificuldades, começaram a ser gestadas as condições para desenvolver um projeto universitário de futuro, articulado em torno da firme pretensão de atingir um nível mais alto de qualidade do ensino, para continuar sendo – como em seus primogênitos tempos – um centro irradiador de cultura.